O museu tem como objetivo oferecer ao público uma visão global da cultura de diferentes povos do mundo, e explorar as semelhanças e as diferenças culturais que unem e separam os diferentes povos, destacando a sua diversidade cultural.
O "Museu Anatómico", popularmente conhecido como Museu Antropológico, foi inaugurado no dia 29 de abril de 1875 pelo monarca Alfonso XII. A sua fundação ficou a dever-se à iniciativa pessoal do médico segoviano Pedro González Velasco, que investiu todo o seu património na construção do edifício, obra do arquiteto Francisco de Cubas. As coleções da época incluíam objetos pertencentes aos três "reinos" da natureza - mineral, vegetal e animal -, e mostras de antropologia física e de teratologia, bem como antiguidades e objetos etnográficos, pelo que poderia considerar-se como um típico "gabinete de curiosidades". Após a morte do seu fundador, o estado adquiriu o edifício e todas as suas coleções, que se foram ampliando ao longo do tempo, com mostras da cultura material de diferentes povos de África, América, Ásia, Europa e Oceânia.
Em 2004 o Museu Nacional de Antropologia iniciou a renovação da sua exposição permanente, começando pela sala dedicada à África, a que se seguiram em 2005 as salas da América e de Antropologia Física. A renovação atual responde a um novo discurso expositivo, mais em consonância com os critérios científicos, museológicos e antropológicos atuais, centrando-se na temática e agrupando os fundos em áreas como indumentária e adornos, música e atividades lúdicas, crenças, habitação e artigos domésticos, precedidas por uma introdução e alguns dados geográficos e históricos. A última fase da renovação finalizou em outubro de 2008, com a inauguração da nova sala da Ásia (Filipinas e religiões orientais), situada no piso térreo do edifício.
O museu ocupa um total de três pisos, pelos quais se distribuem as suas cinco salas de exposição:
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- Sala das Origens do Museu: situada no piso térreo, está dedicada às origens do museu. Nela se recria a labor dos gabinetes de história natural até ao começo do século XX, em homenagem ao Dr. Pedro González Velasco, fundador do museu.
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- Sala das Filipinas: situada no piso térreo. A complexidade étnica, histórica e cultural deste imenso arquipélago tropical reflete-se nos inúmeros e variados objetos pertencentes a um heterogéneo conjunto de comunidades, a maior parte dos quais é procedente da Exposição Geral das Ilhas Filipinas, que teve lugar no Parque de El Retiro de Madrid em 1887.
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- Sala das Religiões Orientais: dedicada às Religiões Orientais, trata-se de uma síntese das coleções asiáticas do museu. A falta de espaço impossibilitou a cobertura de todos os aspetos relacionados com as diversas e ricas culturas deste imenso continente, pelo que se optou por um eixo condutor em torno às três principais religiões: o islão, o budismo e o hinduísmo.
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- Sala de África: situada no primeiro piso, nela podemos descobrir a diversidade de um continente cuja riqueza cultural realmente ainda estamos a começar a descobrir. O espaço expositivo está dividido em quadro áreas temáticas: vida doméstica, vestuário, ócio e religião.
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- Sala da América: situada no piso 2, está dedicada às culturas da América ou Abya Yala, nome dado pelo povo Guna ao continente, e que muitos preferem utilizar em lugar de América, que é um nome de origem europeia. As coleções encontram-se organizadas em cinco secções temáticas: modo de vida, vida doméstica, vestuário, ócio e religião.
DEIXE-SE SURPREENDER
A sala III, dedicada à Antropologia física, procura recriar um antigo gabinete de história natural do começo do século XX, e nela se exibem alguns dos exemplares mais relevantes das coleções do museu, cada um deles representando características próprias, variedades anatómicas, patologias, traumatismos, diferenças étnicas, etc. Destaque para o crânio feminino deformado procedente de Tiahuanaco (Bolívia), o crânio feminino da Ilha de Samar (Filipinas), que apresenta lesões ósseas características da sífilis venérea, e a máscara mortuária de um indígena maori tatuado.