Esta capilla prebarroca de la Venerable Orden Tercera de San Francisco es Monumento Nacional desde 1969 por su singular belleza y decoración, en la que destaca el baldaquino que custodia la imagen del Cristo de Dolores, en el altar mayor, proyectado por Sebastián de Herrera y realizado en 1664 por Juan Ursularre Echevarría, siendo inaugurada en 1668.
En 1608, se constituye oficialmente la Fraternidad de la Tercera Orden en Madrid, a la que se incorporan personajes ilustres como Cervantes, Lope de Vega, Quevedo y Calderón de la Barca. Para celebrar sus asambleas y actos de culto, los hermanos de la Orden deciden en 1613 construir una modesta capilla que, una vez terminada, resultó insuficiente, dado el notable crecimiento en esos años de la Fraternidad, por lo que deciden levantar una iglesia de mayor tamaño, que es la que existe actualmente.
La nueva capilla fue construida entre 1662 y 1668 por el alarife Marcos López, siguiendo el proyecto del jesuita Francisco Bautista y del pintor y escultor Sebastián de Herrera. Consta de planta rectangular con una sola nave, sin capillas laterales y sin nave transversal.
En el siglo XVIII, entre 1760 y 1784, la capilla fue utilizada como iglesia por los frailes franciscanos mientras se construía la basílica de San Francisco el Grande. En 1888 se salvó de ser derribada y salió indemne de los incendios y saqueos de 1931 y 1936.
En 1968, la Venerable Orden Tercera decidió realizar una serie de reformas de acuerdo a las nuevas exigencias litúrgicas, por lo que se eliminó la decoración barroca. Esta acción fue revocada por la Dirección General de Bellas Artes y se obligó a la V.O.T. a devolver a la capilla su aspecto original tras ser declarada Monumento Nacional en noviembre de 1969, quedando desde entonces protegida por el Estado.
Entre 1975 y 1980 se llevó a cabo otra restauración, volviendo a situarse el altar en su lugar original, se reconstruyó el coro y se rehizo el baldaquino donde se encontraba la imagen del Cristo de los Dolores.
Entre los madrileños de la zona es conocida también como “San Francisquín”, a modo de contraste con la vecina basílica de San Francisco el Grande.
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